Клинцевич был депутатом Госдумы с 1999 по 2015, затем был назначен сенатором тем же самым губернатором Островским.
В июне 2016 года Рузский районный суд обязал Клинцевича оплатить общественной организации «Инвалиды войны» 285 тыс. рублей, в которые ей обошлось пребывание политика со своими родными в Центре восстановительной терапии для воинов-интернационалистов им. М. А. Лиходея («Русь»).
Клинцевичи в ходе пребывания в санатории в декабре 2014 года находились там бесплатно, обещая позже предоставить рекомендации врача (условие для бесплатного обслуживания), в дальнейшем так и не прислав денег или направлений. Деньги были взысканы с помощью суда.
27 июня 2017 года Верховный суд отменил решение Рузского районного суда и определение Московского областного суда как вынесенные с нарушением норм процессуального и материального права.
Газета «Коммерсантъ» подчеркивала, что самым громким конфликтом, с которым был связан Франц Клинцевич, оказался его спор с руководителем организации инвалидов войны в Афганистане Андреем Чепурным.
В апреле 2017 года Чепурной пожаловался президенту Владимиру Путину на «многочисленные проверки», якобы инициированные Францем Клинцевичем.
При этом Чепурной утверждал, что сенатор прислал ему письмо, в котором намекал на свои связи со спикером Госдумы Вячеславом Володиным, которого якобы называл «преемником президента». Клинцевич заявил, что «никаких писем с указанием преемника президента» не рассылал, и назвал письма «подделками».
В окружении спикера тогда дистанцировались от скандала, назвав обоих спорщиков «контуженными».
